Моделирование поиска праймеров в цепи ДНК

Abstract

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) является одним из самых распространенных экспериментальных методов при решении задач анализа ДНК. Олигонуклеотидные праймеры являются важной составляющей любой ПЦР, и поэтому существует ряд требований к их дизайну. От данных структур зависит успешность и возможность проведения успешного эксперимента в целом. В связи с этим появилась необходимость проведения компьютерного анализа подбора праймеров. Разработан алгоритм на основе алгоритма поиска Бойера-Мура для специфичного дизайна праймеров. В данной работе представлены две вариации поиска праймеров. На основе алгоритма разработана программа, позволяющая проводить компьютерный дизайн праймеров перед непосредственным экспериментальным проведением ПЦР. Что значительно упрощает проведение непосредственного эксперимента. На данный момент расчеты проведены для модельных объектов (хромосом арабидопсиса). Polymerase chain reaction (PCR) is one of the most common experimental methods for solving DNA analysis problems. Oligonucleotide primers are an important component of any PCR, and therefore there are a number of requirements for their design. The success and the possibility of conducting a successful experiment as a whole depends on these structures. In this regard, there is a need for a computer analysis of primer selection. An algorithm was developed based on the Boyer-Moore search algorithm for a specific primer design. This paper presents two variations of primer search. On the basis of the algorithm, a program has been developed that allows computer-aided design of primers to be performed prior to direct experimental PCR. Which greatly simplifies the conduct of the direct experiment. At the moment, calculations have been carried out for model objects (chromosomes of Arabidopsis).